纳米孔测序仪发布一系列的更新

　　2016年10月05日讯 英国Oxford Nanopore公司最近又火了一把，因为他家的MinION测序仪上太空了。美国宇航局（NASA）利用这款仪器，在国际空间站首次完成了DNA测序实验。Oxford Nanopore的首席技术官Clive Brown近日谈起这事，也掩不住内心的小激动。同时，他还宣布了MinION、PromethION、SmidgeION硬件和试剂的更新。

　　MinION更新

　　据Bio-IT World报道，Brown首先宣布了蛋白孔的更新，新的R9.4版本。更新后的孔将带来更快速、更准确的测序。未来，所有升级都将向后与R9版本兼容。纳米孔测序的酶也将在10月份更新，使得测序速度从250个碱基/秒提高到450个碱基/秒，但准确性不会降低。通过这些更新，MinION的流动槽将在24小时内产生5 Gb以上的数据。

　　Brown还提到，流动槽本身也有更新，不过没人注意到。如今，纳米孔芯片的上方多了一个输入孔（input pore）。从一开始，设计流动槽的目标就是能够在室温下运输和使用。目前，Oxford Nanopore是通过冷链运输，但新的SpotOn流动槽更容易使用，且保质期也更长。

　　Brown表示MinION的试剂盒也有更新。尽管Oxford Nanopore继续生产1D和2D试剂盒，但他希望用户转到1D试剂盒，因为它越来越好。新的1D快速版试剂盒将文库制备的时间从10分钟缩短到5分钟，且无需额外的试剂。随着更新，用户的平均准确性能高于90%。

　　此外，该公司还推出了一些新的试剂盒，包括洗涤试剂盒（将旧的样品从流动槽上冲洗下来）、短片段试剂盒、快速PCR条形码试剂盒、快速PCR试剂盒以及快速扩增子试剂盒。它还计划推出一个直接RNA试剂盒。每个试剂盒都有多重的版本。

　　在数据分析方面，仪器控制软件MinKNOW也在不断改进。目前有三种实时的碱基检出方式：实时和本地，本地和离线，以及云端。不过，Brown希望淘汰云端的碱基检出，他预计是11月5日。

　　硬件更新

　　Brown还着重介绍了一款新设备VolTRAX。这款样品制备仪器适用于诊所、医生办公室和战地医院。它是一个可编程的“基站”，具有集成的加热和冷却功能，可与手提电脑连接，完成标准甚至更复杂的样品制备。

　　“我们正在调整和优化现有的文库制备操作，以便在VolTRAX上使用。目前的1D和2D文库制备操作，以及1D快速操作，都在VolTRAX上表现良好，”该公司表示。Brown说，VolTRAX的早期试用计划将在10月11日启动。

　　Brown还分享了SmidgION的第一张照片，这是一款与手机兼容的DNA测序仪。生物通之前报道过，这款设备采用与MinION和PromethIon设备相同的纳米传感技术，但它比MinION更小，每个流动槽中有256个通道。它可通过充电接口与智能手机或其他移动设备连接，运行4-5小时。据介绍，SmidgION将支持R9试剂，测序速度将达到每秒450个碱基。

　　展望未来

　　Brown也分享了Oxford Nanopore目前参与的一些项目。他认为，有了便携式设备，你能够将精力集中在低成本、大容量的检测上。纳米孔测序作为平台，可促进检测的开发和转化，包括临床和非临床。“检测食物或环境都没问题。对我们来说是一样的，”他说。

　　他的第一个例子是MinION的用户发表的。英国诺丁汉大学的Matthew Loose及其同事7月在《Nature Methods》上发文，详细介绍了实时选择性测序。“你可以实时富集感兴趣的片段，然后只测序它们。对于扩增子来说，我认为这很酷，”Brown谈道。

　　Oxford Nanopore也将纳米孔测序与基因编辑技术相结合，在样品制备中利用Cas9的无活性蛋白来“call down”特定的DNA区域。Brown暗示，公司很快将推出标准化的检测试剂盒。

　　早前，Oxford Nanopore曾表示，它的Zumbador项目正在开发另一款简单便携的产品，希望将核酸提取和文库制备融合在一个设备中。原始样本（如血液、唾液甚至食品）在一端加入，从另一端出来，可立即用于测序。

　　据介绍，Zumbador正变得越来越简单。Oxford Nanopore开始利用微珠捕获和导入系统。脱水的微珠位于Zumbador设备的底部。一旦微珠水化，它们直接掉入流动槽中。这有可能需要一个可运输的液相，其中包含细胞裂解液和某种形式的激活物，之后样品制备发生。目前接近流动槽的部分是最成熟的，而样品输入部分仍在开发阶段。

　　此外，Brown还宣布公司正在开发一种基于场效应晶体管（FET）的传感器。这种FET芯片仍将是一种小型芯片，与MinION或PromethION的芯片大小相同，不过密度非常高。从理论上说，芯片上将有100万个通道，每秒处理1000个碱基。到目前为止，FET芯片表现出很好的信噪比。

　　Brown认为，FET芯片将是下一个技术革新，不过，尽管概念验证的工作已经完成，但还有许多研究工作要做，产品上市至少还需要两年。