空前规模的人类基因组深度测序

　　2016年07月22日讯 基因组先锋Craig Venter领导的研究小组已经对超过1万人的基因组进行了深度测序，这也许是迄今为止最大规模的高质量测序研究。他们精细定位了个体基因组的差异，并展示了哪些突变特别容易引起疾病。

　　在这项研究中，研究小组对10,545个基因组进行了测序，每个的测序深度在30-40倍。研究人员报告称，84%的基因组被自信地测序，这个区域包含了92.5%的已知致病变异。每个新测序的基因组平均含有8,579个之前未知的变异，有些涉及到疾病，有些不涉及。此外，每个基因组大约含有70万个标准参考基因组中没有的DNA碱基。

　　“我们的工作代表了目前深度测序人类基因组的最大努力，”研究称。“这项研究鉴定出超过1.5亿个变异，其中大多数是罕见且未知的。此外，这些数据发现了基因组中高度不耐受变异的位点，这对健康而言可能是至关重要的。”

　　这项研究于7月1日发表在BioRxiv网站上。Craig Venter是资深作者。Human Longevity公司和J. Craig Venter研究所的科学家参与了这项工作。BioRxiv是一个预印本服务器，让人第一时间了解快速发展的生命科学领域的研究。

　　据《圣地亚哥联合论坛报》报道，Venter拒绝接受采访，因为同行评审和出版过程尚未完成。不过，其他科学家在读过这项研究后表示，他们留下了深刻的印象。

　　加州大学旧金山分校的Atul Butte博士认为，这项研究的规模以及基因组的质量，让人印象深刻。他认为，这种“深度测序”可获得医疗级别的基因组，对临床应用而言足够可靠。这些基因组提供了有用的参考数据集，可用于未来个体基因组的比较。

　　Sanford Burnham Prebys Medical Discovery研究所的罕见病研究人员Hudson Freeze表示，这是他所知道的第一项高质量的大规模基因组研究。“收集1万多人的基因组并测序，这需要很大的勇气，”Freeze说。“只有Craig Venter，拥有勇气、财力和技术诀窍去完成这件事。”

　　Scripps转化医学研究所的基因组信息学主任Ali Torkamani认为，这项研究将对基因组的了解延伸到外显子组以外，“为临床上所有重要的区域提供了一幅更完整图像”。不过，它的最大限制是缺乏身体健康方面的数据。

　　对于后续研究，Torkamani建议研究人员关注其他变异，而不仅仅是这项研究关注的SNP（单核苷酸变异）。“尽管SNP是人类基因组中最丰富的变异类型，但还有许多临床相关的变异，没有在这项研究中讨论，尤其是插入缺失、拷贝数变异及其他类型的结构变异，”Torkamani说。