华大基因发表宏基因组测序新成果

　　2016年09月20日讯 人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关，但揭示其中的因果关系并不容易。

　　2014年七月，华南理工大学、华大基因、哥本哈根大学等单位在Nature biotechnology发布了人肠道微生物组参考基因集。研究人员构建了一个高质量、近乎完整的人类肠道微生物基因集数据库，有助于进一步认识肠道菌群与人体生理机能的功能性互作。

　　现在，华大基因、Paris-Saclay大学和Copenhagen大学的研究人员通过宏基因组测序构建了猪肠道微生物组参考基因集。这一重要成果发表在九月十九日的Nature Microbiology杂志上，文章通讯作者是华大基因的王俊（Jun Wang）、Karsten Kristiansen和Paris-Saclay大学的Claire Rogel-Gaillard。

　　猪不仅是一种重要的经济动物，也是研究人类生理和疾病的重要模型。研究人员对287头猪的粪便DNA进行了深度宏基因组测序，鉴定了719种肠道菌的7百多万基因。微生物组研究过去主要依赖16S rDNA基因测序。随着测序成本的直线下降，针对整个菌群的宏基因组测序越来越受到青睐，因为这一技术能够提供更全面的基因组和功能信息。

　　研究显示，在人肠道微生物组参考基因集中发现的功能性通路，有96%也存在于猪肠道微生物组参考基因集中。这些数据有力支持了猪在生物医学研究中的潜在应用。这项研究还指出，性别、年龄和宿主基因都可能影响猪肠道微生物组。

　　今年七月，王俊和华大基因的Huijue Jia在Nature Reviews Microbiology杂志上发表了宏基因组关联分析（MWAS）的综述文章。MWAS是挖掘微生物组宝藏的有力工具，可以高分辨率研究微生物组与复杂疾病的关联，比如二型糖尿病、肥胖症、肝硬化、大肠癌和类风湿性关节炎。这篇文章介绍了MWAS研究最近的一些发现，探讨了这些发现对疾病预防、诊断和治疗的潜在影响。

　　去年五月，华大基因和瑞典哥德堡大学的研究人员对98名一岁以内的瑞典婴儿进行了肠道菌群分析。婴儿的微生物组需要在成长过程中慢慢成熟。我们一直以为引入固体食物是改变婴儿肠道菌群的关键因素，但这项研究表明推动微生物组成熟的其实是断奶。研究人员发现，即使引入了固体食物，非母乳婴儿的微生物组仍旧比母乳婴儿更接近成人。